Identifikasi virus reassortant H5N1 clade 2.3.2.1c dari outbreak highly pathogenic avian influenza pada unggas di Indonesia tahun 2015-2016 

 

Hendra Wibawa1, Rama Dharmawan1, Herdiyanto Mulyawan1, Trian Mahawan2, 

Eko A Srihanto3, Yuli Miswati4, Nensy M Hutagaol5, Arif Riyadi6, Dinar H.W. Hartawan7, 

Ferra Hendrawati8, Deswarni9, Farida C Zenal10, Nining Hartaningsih10, Bagoes Poermadjaja1. 

1 Balai Besar Veteriner Wates, 2 Balai Veteriner Subang, 3 Balai Veteriner Lampung, 

4 Balai Veteriner Bukittinggi, 5 Balai Veteriner Medan, 6 Balai Veteriner Banjarbaru, 

7 Balai Besar Veteriner Denpasar, 8 Balai Besar Veteriner Maros, 

9 Balai Kesehatan Hewan dan Ikan Jakarta, 10 FAO Indonesia, Jakarta 

 

Korespodensi penulis pertama: hendra.wibawa@pertanian.go.id 

 

 

Abstract 

Salah satu sifat virus avian influenza (AI), termasuk virus dari kelompok ganas atau highly pathogenic AI (HPAI) subtipe H5N1, adalah kemampuan untuk terus berubah melalui mekanisme mutasi (mutation) dan persilangan/reasorsi (reassortment) genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mengkharakterisasi virus-virus H5N1 terkini dengan pendekatan whole genome sequencing dan analisis bioinformatika virus AI. 

 

Teknik Next Generation Sequncing (NGS) digunakan untuk sekuensing sampel-sampel yang dikoleksi oleh Balai Besar Veteriner/Balai Veteriner di seluruh Indoesia dari kasus kematian unggas yang meningkat dari Desember 2015-April 2016. Hasil sekuens penuh (full-length) genom virus AI (terdiri dari 8 segmen: PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, MP, NS) diblast dalam database genom influenza di Genbank, dilanjutkan analisa filogenetik, dan kharakterisasi asam-asam amino yang berperan dalam patogenesis virus HPAI. 

 

Hasil studi menunjukkan bahwa reassorsi genetik teridentifikasi pada beberapa segmen gen internal (PB2, M dan NS) dari virus H5N1 yang saat ini dominan ditemukan pada unggas di Indonesia (clade 2.3.2.1) dengan virus H5N1 yang dideteksi sebelumya (clade 2.1.3.2). Selain itu juga terdeteksi adanya virus-virus reassortant HPAI H5N1 Clade 2.3.2.1 yang memiliki segmen gen internal PB2 yang diduga berasal dari virus low pathogenic AI (LPAI). Hasil ini mengindikasikan adanya sirkulasi bersama beberapa virus AI dari jenis clade dan subtipe yang berbeda-beda sebelum terjadi peningkatan outbreak HPAI pada awal 2016, yang berdampak terjadinya infeksi campuran (co-infection) pada satu spesies inang sehingga menghasilkan virus-virus reassortant.  Surveilans pada aras molekuler sangat dibutuhkan untuk terus memonitor perkembangan evolusi virus AI di Indonesia 

 

Kata Kunci: Avian influenza, clade 2.3.2.1c, reassortment, whole genome sequencing, NGS.