Melalui serangkaian upaya intervensi dan pengendalian penyakit Avian Influenza (AI) baik dari pemerintah maupun masyarakat, telah terjadi penurunan kasus highly pathogenic AI (HPAI) subtipe H5N1 pada unggas yang cukup signifikan sejak tahun 2010. Di Indonesia, hanya 2 jenis virus H5N1 yang saat ini ditemukan dan bertahan, yaitu clade 2.1.3.2 dan clade 2.3.2.1c. Clade 2.1.3.2 ditemukan terbatas di Sumatera Utara dan Kalimantan Utara, sedangkan clade 2.3.2.1c menjadi kelompok virus H5N1 yang dominan ditemukan pada kasus-kasus HPAI di Indonesia sejak tahun 2015. Selain HPAI, virus low pathogenic AI (LPAI) telah diisolasi dari kasus penurunan produksi pada ayam petelur pada akhir tahun 2016. Peluang terjadinya infeksi bersama (co-infection) dan sirkulasi bersama (co-circulation) virus HPAI H5N1 dan LPAI H9N2 pada unggas bisa terjadi. Hal ini membutuhkan perhatian serius dari semua pihak, karena dikhawatirkan peristiwa ini dapat memicu terjadinya pertukaran material genetik (genetic reassortment) antar HPAI H5N1 dan LPAI H9N2 atau dengan LPAI lainnya. Melalui jejaring Influenza Virus Monitoring (IVM), Balai Besar Veteriner Wates sebagai Laboratorium Rujukan AI Nasional sekaligus focal point IVM telah melakukan kharakterisasi genetik dan antigenik untuk melihat perkembangan virus AI, baik HPAI maupun LPAI, yang bersirkulasi di lapangan.

Hasil kharakterisasi dengan teknik Next Generation Sequencing (NGS) dilanjutkan dengan analisis bioinformatika menunjukkan bahwa virus HPAI H5N1 clade 2.3.2.1c terus mengalami perubahan sehingga virus ini berkembang menjadi setidaknya 2 kelompok, yaitu: 2.3.2.1c-i dan 2.3.2.1c-ii. Kombinasi data sekuens genetik (dengan teknik NGS) dan data antigenik (dengan teknik antigenic cartography) menunjukkan adanya antigenic drift, dimana mayoritas virus-virus yang beredar saat ini memiliki jarak antigenik (antigenic distance/AD) yang cukup signifkan (AD> 2log2 HI) terhadap strain vaksin H5N1 clade 2.3.2.1c (A/Sukoharjo/BBVW-1428-9/2012).

Di sisi lain virus LPAI H9N2 belum menunjukkan keragaman genetik yang tinggi, tetapi tetap perlu diwaspadai karena virus ini memiliki potensi sebagai “donor” internal gen virus AI lain. Hal ini terdeteksi dari hasil analisa whole genome sequencing (WGS) terhadap virus-virus yang diisolasi pada tahun 2016 dan 2019 dimana menunjukkan adanya pertukaran genetik antara virus HPAI H5N1 clade 2.3.2.1c dan LPAI H9N2, terutama pada segmen PB2. Selain itu, surveilans berbasis resiko pada peternakan babi di Sumatera Utara ditemukan virus LPAI H1N1  kelompok klasik (classical swine H1N1) clade 1A.3.3.2.